Quarz ist bis ca. 1400°C thermisch stabil. Als Reinstoff schmilzt es dann aber innerhalb eines schmalen Temperaturbereiches. Es hat einen geringen Temperaturausdehnungskoeffizienten und daher schnell aufgeheizt und abgekühlt werden. Es wird daher im Labor gern für Apparaturen genutzt.
Quarz ist es chemisch nicht so unempfindlich, wie man gemeinhin annimmt. Quarz ist das Anhydrid der Kieselsäure und reagiert daher mit leicht schmelzenenden Metalloxiden oder Halogeniden unter Bildung von Metallsilikaten. Daher führt das Schmelzen von Alkalioxiden, Hydroxiden oder Carbonaten oder auch nur das Stehenlassen von starken wässrigen Laugen schnell zur Zerstörung des Quarzrohres.
Zur Fixierung von Feststoffen in Quarzrohren muss unbedingt Quarzwolle (Art. 6903) verwendet werden. Glaswolle würde bereits bei niedriger Temperatur schmelzen und wegen seines deutlich größeren Ausdehnungskoeffizienten beim Abkühlen zu Spannungsrissen führt.
Quarzglas ist in seiner Kristallstrktur amorph (nicht kristallin). Bei längerem Erhitzen, insbesondere in Gegenwart anderer Substanzen rekristallisiert es und wird dabei "blind" (weißlich, undurchsichtig), Das schadet der Stabilität in den üblichen Experimenten kaum.
Man reinigt das Quarzrohr zunächst mechanisch und wenn nötig mit heißen verdünnten Säuren. Laugen greifen das Quarzrohr an. Günstig ist auch das Reinigen im Ultraschallbad.
Quarzrohr ist deutlich teurer als normales Laborglas. Daher sollte man aus den Basis-Sets Art. 9802.00 die Quarzrohre entfernernen und durch Glasrohre ersetzen, da Schülerinnen und Schüler in der Regel Quarzrohre nicht von Glasrohren unterscheiden können. Man kann Quarz daran erkennen. dass Quarzrohr in der Längsrichtung gegen das Licht betrachtet, farblos weiß ist, Borosilkat-Gläser (Laborglas) üblicherweise blaugrün-grau und einfaches AR-Glas dagegen grünlich leuchtet.